1919 год в Екатеринодаре был особенно тяжелым. Социальные проблемы обострялись на фоне развивающейся эпидемии сыпного тифа, охватившей почти всю территорию Северного Кавказа.  В январе 1919 года в Екатеринодаре болело полторы тысячи человек, а в феврале число заболевших достигало цифры до 800 человек в день. 1 февраля 1919 года Городская Картинная галерея Ф.А. Коваленко получила категорическое предписание: «В виду появившегося в Вашей Картинной галерее заболевания сыпным тифом, прошу Вас закрыть таковую для пользования публики на 2 недели и в целях предупреждения распространения инфекции среди посетителей». К сожалению, эта мера была недостаточной. Среди заболевших оказался и Федор Акимович Коваленко. 9 февраля 1919 г. он скончался.