Внезапная кончина оборвала подвижническую деятельность попечителя галереи. В 1920 г. решением Кубано-Черноморского ревкома городская картинная галерея имени Ф.А. Коваленко с литературным и археологическим отделами при ней была национализирована и в качестве художественного отдела влилась в Кубано-Черноморский областной музей. Позже, в 1924 году, художественный отдел выделен в самостоятельное культурное учреждение под названием «Кубанский советский художественный музей», ему было присвоено имя наркома народного просвещения А.В. Луначарского.

Так закончился первый самый важный и значительный период в истории Екатеринодарской картинной галереи.

К концу жизни создателя галереи, коллекция Ф.А. Коваленко насчитывала 730 картин, 1400 произведений графики, декоративно-прикладного искусства, редких книг.

В настоящее время собрание музея – это более 13 000 единиц хранения. В 1993 г. ему возвращено имя его создателя Ф. А. Коваленко. Музей продолжает формировать коллекцию работ современных художников и мастеров прошлых столетий за счет дарителей и собственных приобретений, таким образом, дело Федора Акимовича живет и продолжает развиваться.